Øystein Aagenæs har vært en markant skikkelse i norsk pediatri og hans navn er kjent over hele verden blandt pediatere som er interessert i gastroenterologi og hepatologi etter at han beskrev flere tilfeller av cholestase med lymfødem, et syndrom bedre kjent som Aagenæs-syndromet. Aagenes er fortsatt, over 85 år gammel, aktiv i aktuell forskning omkring dette syndromet.
Aagenes har vært sentral i norsk barnediabetesmiljø både i sin tid på Rikshospitalet, og etter at han ble leder og professor ved den nye barneavdelingen på Aker sykehus i 1975. Han engasjerte seg sterkt for bedre utdanning for alle faggrupper som arbeidet med barnediabetes, skapte et aktivt forskningsmiljø knyttet til barneavdelingen på Aker og var sentral i opprettelsen av Aker Diabetes Forskningssenter. Han var også helt sentral i arbeidet med å samle omsorgen for barn med cystisk fibrose ved avdelingen ved Aker sykehus.
Aagenæs har vært aktiv i Norsk Barnelegeforening, blant annet som formann i Norsk Pediatrisk Selskap tidlig på 70-tallet, der han markerte seg som en aktiv pådriver i arbeidet med å få flere barneavdelinger rundt om i landet.